Mondragon Corporation představuje zcela odlišný a úspěšný přístupu k obchodním podnikům. Základ tohoto přístupu tkví ve struktuře vlastnictví, která je netypická. Podniky v rámci Mondragon Corporation jsou družstevními podniky, to tedy znamená, že jsou vlastněny lidmi, kteří v rámci těchto podniků pracují.

Ekonomický úspěch a odolnost Mondragonu je pozoruhodná právě kvůli tomu, že se jedná o družstva. Firmy v rámci Mondragonu dosáhly toho, že prosperují již vice než 50 let a to zejména posledních 30 let, které byly velice náročné, jelikož zahrnují období důležité průmyslové restrukturalizace v Baskicku, stejně tak, jako ve zbytku celého vyspělého světa.

Dva z charakteristických znaků, které jsou tolik typické pro družstva v rámci Mondragonu, souvisí s myšlenkou sítě. První znak se týká právě této myšlenky. Arizmendiarrieta a jeho následovníci brzy rozpoznali potencionální přínosy spolupráce ve skupině nebo v řadě propojených skupin, a to za účelem vzájemné pomoci a vytvoření sítě organizací tzv. druhého stupně, jenž slouží společným zájmům. Existence této sítě podpůrných organizací je vlastně ztělesněním principu mezi-spolupráce, a jedná se o zásadní zkušenost Mondragonu a klíč k jejich dlouhodobému úspěchu. Tou druhou charakteristikou byla schopnost adaptace sítě i organizační struktury podle potřeb a okolností. Na rozdíl od ostatních družstevních firem, které víceméně pracují nezávisle ze dne na den, zástupci firmy Mondragon rozvíjeli souhrnnou skupinovou taktiku. Na základě toho, jak v polovině 60. let rostl trh a stával se kompetitivnějším, spojili své síly ještě více, což vedlo rovněž ke sdílení vedení, struktury řízení a službám (hlavně ve druhé polovině let 70. a 80.).

Nicméně později s postupující globalizací trhů a začlenění Španělska do Evropského hospodářského společenství, nebyla již tato struktura déle vhodná. Skupina Mondragon tak na tyto tlaky reagovala několika způsoby, přičemž nejvýznamnějším z nich byla implementace dvou nových principů: 1) částečné strukturální sjednocení, tedy vytvoření ústředních orgánů s určitými odpovědnostmi a pravomocemi jak v řízení, tak v poskytování služeb v oblasti správy v rámci celé skupiny, a 2) reorganizace členských firem na bázi průmyslového sektoru na rozdíl od oblasti (viz obrázek 1).

Tato reorganizace byla zahájena v roce 1991 a propracována mezi lety 2005-2006. Díky tomuto došlo ke shromáždění všech podniků a podpůrných organizací pod jednu střechu a sice Mondragon Cooperative Corporation (MCC) – jednoduše Mondragon.

Jednotlivá družstva byla rozdělena mezi tři hlavní obchodní skupiny v rámci MCC – finanční, průmyslovou a maloobchodní – a, v rámci průmyslové skupiny, do 12 divizí. Korporace Mondragon jako celek a její tři skupiny mají spravující a řídící orgány, které přibližně odrážejí ty, které existují na úrovni jednotlivých družstevních společností. Na celkové úrovni Mondragonu jsou řídící funkce vykonávány prezidentem a generální radou, která se skládá z ředitelů finanční skupiny, maloobchodní skupiny, největších divizí průmyslové skupiny, stejně jako vedoucích několika centrálních oddělení korporace (finance, strategické plánování a technické záležitostí, mezinárodní činnosti, právní a institucionální záležitostí, lidské zdroje, inovace, rozvoj nových obchodních příležitostí atd.). Cílem této reorganizace nebylo centralizovat kontrolu, ale dosáhnout větších úspor ze zavedené velkovýroby, technologických a obchodních synergií, asistence či strategického plánování.

Banka i nadále zůstává důležitou institucí, která se ale nyní věnuje výhradně bankovnictví. Její funkce financování rozvoje a poskytování rizikového kapitálu byly převedeny do několika hlavních fondů v sídle organizace, především pak do Mondragon Investments a Mondragon Foundation, které jsou financovány z ročních investic a rovněž i z příspěvků členských společností před a po zdanění. Poradenství a řešení problémů divize Obchodních služeb banky rovněž posunula její institucionální umístění, jak je vysvětleno níže.

Centrální řídící orgány ve firmě Mondragon se zodpovídají dvěma demokraticky řízeným strukturám: družstevnímu kongresu a jeho stálému výbor. Kongres se skládá z 650 zástupců, rozebírá a stanovuje základní zásady, které musí být dodržovány v rámci členských družstev. Stálý výbor (v podstatě vnitřní představenstvo) se skládá z 21 lidí, kteří jsou voleni z dříve volených rad jednotlivých skupin odvětví a divizí. Stálý výbor jmenuje zástupce nejvyššího managementu, prezidenta generální rady, a musí schválit jeho volbu vedoucích pracovníků, kteří zasedají v generální radě, tzn. ředitelů skupin a divizí a ředitelů centrálních oddělení.

Zatímco se struktura Mondragon Corporation může jevit spíše jako konvenční konglomerát, jak původní decentralizovaná struktura vlastně vyznívala, základní družstevní principy jsou stále v účinnosti. Každé jednotlivé družstvo je právně samostatná jednotka s vlastní demokratickou správou. Každá jednotka takto připojená k MCC zároveň souhlasila, že bude dodržovat zásady korporace prostřednictvím hlasování na valné hromadě pracovníků-členů a může hlasovat pro to, že firmu kdykoliv opustí.